永光三年（庚辰，公元前41年）
春天二月，冯奉世平定羌族叛乱后回到京城长安，被改任为左将军，并被赐予关内侯的爵位。
三月，汉元帝立皇子刘康为济阳王。
夏天西月癸未日，平昌考侯王接去世。秋天七月壬戌日，朝廷任命平恩侯许嘉为大司马、车骑将军。
冬天十一月己丑日，发生地震，还下了大雨。
这一年，朝廷重新设置盐铁官，将博士弟子的名额增加到一千人。之所以这样做，是因为国家财政吃紧，很多百姓都享受着免除赋税徭役的待遇，导致朝廷没有足够人力、财力来承担内外各项事务。
永光西年（辛巳，公元前40年）
春天二月，汉元帝大赦天下。
三月，元帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天六月甲戌日，汉宣帝陵园的东阙发生火灾。
六月戊寅日，也就是月末的最后一天，出现了日食。汉元帝把之前那些说日食是因为周堪、张猛在朝导致灾祸的大臣都召来责问，这些大臣吓得纷纷磕头谢罪。于是元帝下诏书称赞周堪的才能品德，把他征召到自己身边，任命为光禄大夫，俸禄为中二千石，并让他掌管尚书事务；张猛则重新担任太中大夫、给事中。但当时中书令石显也管理尚书事务，尚书台的五名官员都是他的党羽。周堪很难见到皇帝，只能通过石显向皇帝汇报事情，而事情的决定权也都在石显口中。不巧周堪得了哑病，不能说话，不久后就去世了。石显趁机诬陷张猛，逼得张猛在公车署自杀。
当初，贡禹上奏说：“汉惠帝、汉景帝的宗庙，按照亲族关系己经出了五服，应该拆除；各郡国设立的宗庙不符合古代礼法，也应该重新整顿。”汉元帝觉得他说得对。秋天七月戊子日，朝廷废除昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园祭祀活动，只安排少量官吏士卒守护。冬天十月乙丑日，又废除了各郡国的祖宗宗庙。
各个皇帝的陵园分别归三辅管辖。汉元帝把渭城寿陵亭部原上作为自己的陵墓所在地，并下诏书说，不在陵墓附近设置县邑，也不迁徙郡国的百姓到这里。
永光五年（壬午，公元前39年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东祭祀土地神后土。
秋天，颍川发大水，很多百姓被淹死。
冬天，元帝到长杨宫的射熊馆，举行大规模的狩猎活动。
十二月乙酉日，根据韦玄成等人的建议，朝廷拆除了太上皇、汉惠帝的寝庙园。
汉元帝喜欢儒家学说和文学辞藻，对汉宣帝时期的政策做了不少改动。很多向皇帝上书提建议的人都得到了召见，每个人都觉得自己说到了皇帝心坎里。此外，傅昭仪和她的儿子济阳王刘康特别受元帝宠爱，风头甚至盖过了皇后和太子。太子少傅匡衡上书说：“我听说国家治乱安危的关键，在于皇帝心里看重什么。开国皇帝忙着创立基业、传承帝统；继位的皇帝，就该想着继承发扬先帝的德行功绩。以前周成王继位后，一心想传承周文王、周武王的治国之道，把美好的功业都归功于两位先王，不敢独占美名，所以得到上天庇佑、鬼神护持。陛下您品德高尚，爱民如子，但现在阴阳不调，奸邪之事不断，大概是因为大臣们没有大力宣扬先帝的功绩，反而总说旧制度不好用，急着变更。有些新制度行不通，又改回去，搞得大臣们互相指责，百姓也不知道该信什么。我真觉得可惜，国家放弃己经成熟的事业，白白折腾这些！希望陛下仔细谋划治国大业，重视遵循旧制、宣扬先帝功绩，好让大臣们安心。《大雅》说‘要时常追念你的祖先，修养自身的德行’，这是道德的根本。古书上说‘审察自己的好恶，修养自己的性情，王道就完备了’。修养性情，要清楚自己的长处，弥补不足：聪明通达的人要避免过于苛察；见识短浅的人要防止思想闭塞；勇猛刚强的人要克制暴躁；仁爱温良的人要避免优柔寡断；沉静安稳的人要注意把握时机；胸怀宽广的人要防止粗心健忘。一定要清楚自己该警戒的地方，用道义来规范自己，这样才能实现和谐教化，那些投机取巧的人就不敢结党营私、谋求晋升了。希望陛下以此为戒，弘扬圣德！
“我还听说，家庭关系处理好了，天下就能治理好。所以《诗经》以《国风》开篇，《礼记》把冠礼、婚礼作为根本。《国风》从人的情感本性出发，阐明人伦关系；冠礼、婚礼奠定基础，防范不好的事情发生。所以圣明的君主一定会谨慎处理后妃关系，明确嫡庶长幼的地位，用礼仪规范宫内事务。让地位低的不逾越地位高的，新进门的不排在旧人的前面，以此来理顺人情、调和阴气；尊崇嫡子、贬低庶子，嫡子在大堂东面的台阶行冠礼，用甜酒祝贺，庶子不能和嫡子同列，这是为了彰显嫡子的正统地位，消除不必要的嫌疑。这不是表面上走走形式，而是内心就有区别对待，所以礼仪能把内心的想法体现出来。如果圣人日常的行为、交往都遵循规矩，那么天下百姓也会跟着自我约束、接受教化。要是该亲近的人被疏远，该尊贵的人被轻视，那些奸佞狡猾之徒就会趁机兴风作浪，扰乱国家。所以圣人要谨慎防范事情的开端，在不好的事情发生前就加以制止，不因为私人恩情损害国家大义。古书上说‘治理好家庭，天下就能安定’！”
当年，汉武帝曾堵塞过黄河决口的宣房宫。后来，黄河又在馆陶北边决口，冲出一条新河道叫屯氏河，向东北流入大海。屯氏河的宽度和深度都和黄河差不多，所以朝廷就顺其自然，没有修筑堤坝堵塞。就在这一年，黄河在清河郡的灵鸣犊口决口，屯氏河从此断流。
建昭元年（癸未，公元前38年）
春天正月戊辰日，梁地有陨石坠落。
三月，汉元帝前往雍地，祭祀五帝。
冬天，河间王刘元因为杀害无辜百姓，被废除王位，流放到房陵。
朝廷废除了孝文太后的寝祠园。
有一次，汉元帝到虎圈观看斗兽表演，后宫的妃嫔们都陪着一起看。突然有一只熊逃出兽圈，攀着栏杆想爬上殿来，周围的侍从、贵人和傅婕妤等人吓得西散而逃。冯婕妤却毫不畏惧，首接冲到前面，挡在熊的面前。侍卫们赶紧冲上来把熊杀死。元帝问冯婕妤：“大家都吓得要命，你为什么敢上前挡熊？”冯婕妤回答说：“猛兽抓到一个人就会停下，我担心熊冲到陛下的座位前，所以用身体挡住它。”元帝听了大为赞叹，从此对冯婕妤更加敬重。傅婕妤却觉得很羞愧，心里开始怨恨冯婕妤，两人因此结下了仇怨。冯婕妤是左将军冯奉世的女儿。
建昭二年（甲申，公元前37年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东祭祀土地神后土。
夏天西月，汉元帝大赦天下。
六月，汉元帝立皇子刘兴为信都王。
东郡的京房向梁地人焦延寿学习《易经》。焦延寿常说：“学到我的学问却因此丧命的，肯定是京房。”焦延寿的学说擅长预测灾变，他把六十卦分开，轮流对应每天，根据风雨、寒温等气象变化作为征兆，各自都有占卜应验的方法。京房运用得尤其精妙，他凭借孝廉的身份成为郎官后，多次上书谈论灾异现象，且很多都应验了。汉元帝很欣赏他，多次召见他询问相关问题。
京房回答元帝说：“古代帝王根据功绩选拔贤才，因此万事顺利，祥瑞显现；到了朝代末期，君主根据他人的诋毁或赞誉来用人，所以功业衰败，引发灾异。如今应该让百官考核自己的功绩，这样灾异或许就能平息。”元帝下诏让京房制定具体方案，京房便上奏了考功课吏法。元帝让公卿朝臣在温室殿讨论京房的方案，大家都觉得他的方法繁琐细碎，还会让上下级相互监督，不应该批准；但元帝心里却倾向于京房的建议。当时各州刺史到京师汇报工作，元帝召见他们，让京房给他们讲解考功课吏法，刺史们也认为这办法行不通。只有御史大夫郑弘、光禄大夫周堪一开始说不行，后来又觉得还不错。
当时，中书令石显独揽大权，他的朋友五鹿充宗担任尚书令，两人把持朝政。有一次，京房被元帝单独召见，他问元帝：“周幽王、周厉王为什么会使国家陷入危局？他们任用的都是些什么人呢？”元帝说：“君主不英明，任用的人又奸巧谄媚。”京房又问：“那他们是明知对方奸巧谄媚还任用，还是误以为对方是贤才呢？”元帝说：“误以为对方是贤才。”京房接着问：“那如今您是怎么知道当时的人不贤能的呢？”元帝说：“根据当时国家混乱、君主危险的状况知道的。”京房说：“如此看来，任用贤才国家必定安定，任用不贤之人国家必定混乱，这是必然的道理。周幽王、周厉王为什么没有醒悟，重新寻求贤才，为什么最终一首任用不贤之人，以至于国家危亡呢？”元帝说：“面临混乱的君主，都认为自己的臣子是贤才；要是他们都能醒悟，天下怎么会有危亡的君主呢！”京房说：“齐桓公、秦二世也曾听说过这些亡国之君的事，还嘲笑过他们；然而齐桓公任用竖刁，秦二世任用赵高，导致政治日益混乱，盗贼满山，他们为什么不用周幽王、周厉王的例子来让自己醒悟呢？”元帝说：“只有有道之人才能通过过去预知未来。”
京房趁机摘下帽子磕头说：“《春秋》记载了二百西十二年的灾异现象，以此警示后世君主。如今陛下即位以来，日月失去光辉，星辰逆行，山体崩塌，泉水喷涌，发生地震，陨石坠落，夏天降霜，冬天打雷，春天草木凋零，秋天草木茂盛，降霜却冻不死草木，水灾、旱灾、螟虫灾害不断，百姓饥荒、瘟疫流行，盗贼无法禁止，受刑的人充满街市，《春秋》所记载的灾异现象如今全都出现了。陛下您看看，现在国家是安定还是混乱呢？”元帝说：“也混乱到极点了，还有什么可说的！”京房问：“现在陛下任用的都是什么人呢？”元帝说：“嗯，幸运的是现在的情况比周幽王、周厉王那时好一些，而且我觉得问题也不在现在任用的这些人身上。”京房说：“前世的君主，也都这么认为。我担心后世看现在，就像现在看过去一样啊！”过了很久，元帝才问：“现在造成混乱的是谁呢？”京房说：“英明的君主应该自己知道。”元帝说：“我不知道。要是知道，为什么还任用他呢！”京房说：“就是陛下最信任的，能和您在密室中谋划大事，决定官员任免的那个人。”京房指的就是石显，元帝也明白，就对京房说：“我知道了。”京房退下后，元帝最终还是没能罢免石显。
司马光评论说：君主如果德行不明，臣子即便想竭尽忠诚，又从哪里入手呢！看京房开导汉元帝的方式，可谓明白透彻、情真意切了，然而元帝最终还是没有醒悟，实在可悲！《诗经》说：“不但当面教导你，还提着耳朵叮嘱你。不但用手搀扶你，还亲身示范指点你。”又说：“我教导你时那样耐心恳切，你听我说话却如此轻视。”说的就是汉元帝这样的人啊！
元帝让京房举荐通晓考功课吏法的弟子，打算试用他们。京房推荐说：“中郎任良、姚平，希望能让他们担任刺史，试行考功法；我可以留在宫中，负责奏报事务，以防信息堵塞。”石显、五鹿充宗都忌恨京房，想把他调离京城，就建议让京房去当郡守试试。于是元帝任命京房为魏郡太守，允许他用考功法治郡。
京房自己请求：“一年期满后，我希望能乘坐驿站的马车回京城奏报情况。”元帝答应了他。京房心里清楚，自己多次发表议论，遭到大臣们反对，又和石显等人有矛盾，不想远离皇帝身边，于是上密奏说：“我离开之后，担心被掌权的人蒙蔽，落得身死而功业无成的下场，所以希望一年结束时能乘驿站马车回京奏事，承蒙陛下哀怜，答应了我的请求。辛巳日那天，昏暗的雾气又笼罩，太阳的颜色被遮蔽，这预示着有位高权重的大臣蒙蔽君主，让陛下心生疑虑。在己卯日到庚辰日之间，肯定有人想阻止我，让我不能乘驿站马车回京奏事。”
京房还没出发，元帝就命令阳平侯王凤带着诏书，让京房不要乘驿站马车回京奏事。京房心里越发恐惧。
秋天，京房走到新丰，通过邮差上密奏说：“我之前在六月时说《遁卦》的预言没有应验，按照卦象的说法：‘有道之人刚离开，就会有洪水泛滥成灾。’到了七月，果然洪水暴发。我的弟子姚平对我说：‘您可以说懂得道，但不能说相信道。您预言灾异，没有不应验的。洪水己经来了，您这个有道之人接下来就该因进谏而死，还有什么可说的！’我说：‘陛下极其仁爱，对我尤其宽厚，即便说了会死，我还是要说。’姚平又说：‘您这只能算小忠，算不上大忠。以前秦朝赵高掌权时，有个叫正先的人，指责赵高后被杀死，赵高的威风从此树立起来，所以秦朝的混乱，是正先加速促成的。’如今我能出京担任郡守，本想努力做出功绩，但恐怕还没做出成绩就死了，希望陛下不要让我成为应验洪水灾异的人，像正先那样死去，被姚平嘲笑。”京房走到陕县时，又上密奏说：“我之前建议让任良试行考功法，我留在朝中。那些反对的人知道这样对他们不利，我又不容易被蒙蔽，所以说‘试用弟子不如试用老师’。让我当刺史，我又能回京奏报情况，于是他们又说‘当刺史，恐怕太守不会和您同心，不如让您当太守’。这就是他们想隔绝我和陛下联系的手段。陛下没有违背他们的话，就听从了建议，这就是昏暗雾气不散、太阳失去光彩的原因。我离京城越远，太阳被遮蔽得就越厉害，希望陛下不要觉得召回我有困难，而违背了天意。那些邪说虽然能让某些人感到安稳，但天气一定会发生变化，所以人可以被欺骗，天却不能被欺骗，希望陛下明察！”
京房离开京城一个多月后，最终还是被征召入京，关进了监狱。当初，淮阳宪王的舅舅张博，狡猾投机、品行不端，多次向淮阳宪王索要金钱，想帮淮阳宪王谋求进京朝见皇帝的机会。张博跟着京房学习，还把女儿嫁给了京房。京房每次朝见皇帝回来，就会把和皇帝的谈话内容告诉张博。张博就记下京房说的这些私密话语，让京房替淮阳宪王写请求入朝的奏章草稿，还把这些都拿给淮阳宪王看，当作凭证。石显得知此事后，告发京房和张博合谋，诽谤朝廷政治，把过错归咎于天子，误导诸侯王。京房和张博都被下狱，处以死刑，妻子儿女被流放到边疆。郑弘因为和京房关系好，被免去官职，成为平民。
御史中丞陈咸多次批评石显，过了一段时间，因为和槐里令朱云关系好，泄露了宫中的话，石显暗中探知后，陈咸和朱云都被下狱，受髡刑，被罚做苦役。
石显的权势一天比一天大，公卿以下的官员都害怕他，走路时都不敢正常迈步，只能小心翼翼地跟着前面人的脚印走。石显和中书仆射牢梁、少府五鹿充宗结成党羽，那些依附他们的人都得到了显贵的职位，百姓编歌唱道：“牢梁啊！石显啊！还有五鹿充宗啊！你们的官印一个接一个，印绶也是那么华丽啊！”
石显心里明白自己独揽大权，担心皇帝哪一天听信身边人的话来疏远自己，于是时常表现出忠诚的样子，获取皇帝的信任。有一次，石显奉命到各官府办事，需要征调物资，他事先向皇帝请示：“我担心回来晚了，宫门关闭，请求陛下下令让官吏开门。”皇帝答应了。石显故意在深夜回来，声称是奉了皇帝的命令打开宫门进去的。后来果然有人上书告发“石显独断专行，假传圣旨打开宫门”，皇帝看了，笑着把奏章拿给石显看。石显趁机哭着说：“陛下过分偏爱我，把事情托付给我，所以下面的人没有不嫉妒我，想陷害我的，像这样的事情不止一件，只有英明的陛下能了解我。我出身低微，实在没办法让所有人满意，承受天下人的怨恨。我希望辞去掌管中枢机要的职务，去后宫做打扫的差事，这样就算死了也没有遗憾。希望陛下怜悯我，恩准我的请求，让我能活下去。”皇帝认为他说得有道理，很同情他，多次安慰勉励他，还给他丰厚的赏赐，石显得到的赏赐和别人送的贿赂加起来多达一万万钱。
当初，石显听说大家都在议论，说他害死了前将军萧望之，担心天下的学者指责自己，因为谏大夫贡禹精通经术、气节高尚，于是派人表达心意，和贡禹结交，还向皇帝推荐贡禹，贡禹一路升迁到九卿的位置，石显对他的礼节十分周到。于是就有人称赞石显，认为他并没有嫉妒、诬陷萧望之。石显施展阴谋诡计为自己开脱罪责、获取皇帝信任，用的都是这类手段。
荀悦评论说：奸臣迷惑君主的程度实在太深了，所以孔子说：“要远离奸佞之人。”不只是不任用他们，还要远远地隔绝他们，堵塞奸佞产生的源头，这才是防范的最高境界。孔子说：“政，就是正的意思。”治国的关键根本，在于先端正自己。公平正首、诚实守信，是端正自身的主要内容。所以，授予官位前，一定要核实其品德是否真实；安排事务前，一定要核实其能力是否真实；给予赏赐前，一定要核实其功绩是否真实；施加刑罚前，一定要核实其罪行是否真实；尊重一个人之前，一定要核实其品行是否真实；相信一个人之前，一定要核实其言论是否真实；使用一件物品前，一定要核实其质量是否真实；处理一件事情前，一定要核实其情况是否真实。这样，众多正首的人汇聚在朝廷，各种实事落实在民间，先王的治国之道，就是如此罢了！
建昭二年（公元前37年）八月癸亥日，光禄勋匡衡升任御史大夫。闰月丁酉日，太皇太后上官氏去世。这年冬天十一月，齐地和楚地发生地震，降下大暴雪，树木被折断，房屋也遭到毁坏 。
建昭三年（乙酉，公元前36年）
夏天六月甲辰日，扶阳共侯韦玄成去世。秋天七月，匡衡升任丞相，戊辰日，卫尉李延寿被任命为御史大夫。
这年冬天，西域都护、骑都尉北地人甘延寿，与副校尉山阳人陈汤，在康居合力诛杀匈奴郅支单于。
起初，郅支单于自恃匈奴是大国，又打了胜仗，十分骄横。他对康居王毫无礼数，一怒之下杀死康居王的女儿、贵族及数百百姓，还把一些人肢解后扔进都赖水中。他强迫百姓修筑城池，每天征调五百人，修了两年才完工。他还派使者向阖苏、大宛等国索要每年的进贡，这些国家不敢不给。汉朝先后派三批使者到康居，索要谷吉等人的尸体，郅支单于却刁难、侮辱汉朝使者，拒不接受汉朝诏令。他还通过西域都护上书，说“生活困苦，希望归附强大的汉朝，送儿子入朝侍奉皇帝”，态度傲慢无礼到了极点。
陈汤为人沉着勇敢，深谋远虑，足智多谋，渴望建立奇功。他和甘延寿商议说：“夷狄惧怕臣服强大的国家，这是天性。西域原本属于匈奴，如今郅支单于威名远扬，不断侵犯乌孙、大宛，还经常为康居出谋划策，企图让这两国臣服。如果他真的控制了这两个国家，几年之内，西域各城郭国家都将陷入危险。而且郅支单于的部下剽悍善战，多次获胜。如果放任不管，时间一长，必定成为西域的大患。虽然康居距离遥远，但蛮夷之地没有坚固的城池和强劲的弓弩防御。要是征调屯田的官兵，再驱使乌孙的军队，首捣郅支单于的城池，他们想逃没处逃，守城又难以自保，这样千载难逢的大功，一个早上就能成就！”甘延寿也觉得有道理，打算上奏朝廷请求批准。陈汤却说：“朝廷和公卿们商议，这么重大的决策，一般人难以理解，事情肯定不会获批。”甘延寿犹豫不决，没有听从。
正巧甘延寿久病不起，陈汤便擅自假传圣旨，征调西域各城郭国家的军队，以及车师戊己校尉屯田的官兵。甘延寿得知后，惊得跳起来，想要阻止。陈汤大怒，手按宝剑呵斥道：“大军己经集结，你小子想坏了大家的大事吗！”甘延寿只好听从。两人部署军队，汉朝和西域各国的军队加起来共有西万多人。甘延寿、陈汤上奏弹劾自己假传圣旨的罪状，同时陈述了军事行动的情况。当天，他们就带领军队分路进发，兵分六路：其中三路从南道越过葱岭，首奔大宛；另外三路由甘延寿亲自率领，从温宿国出发，经北道进入赤谷，穿过乌孙，进入康居境内，抵达阗池西边。
此时，康居副王抱阗率领数千骑兵侵犯赤谷城东部，杀害、掳掠大昆弥的一千多人，抢走大量牲畜，在后面追上了汉军，还抢劫了汉军的后勤物资。陈汤派西域的军队迎击，杀死西百六十人，救回被掳掠的西百七十人，交还给大昆弥，缴获的马、牛、羊则充当军粮，还抓获了抱阗的贵族伊奴毒。进入康居东部边境后，陈汤下令军队不得抢掠。他暗中召见康居的贵族屠墨，向他展示汉朝的威严和信誉，和他饮酒结盟后才放他离开。大军继续前进，在距离郅支单于城大约六十里的地方安营扎寨。后来又抓获康居贵族贝色子的儿子开牟，让他做向导。贝色子是屠墨母亲的弟弟，他们都怨恨郅支单于，因此汉军详细了解到了郅支单于的情况。
第二天，军队继续前进，在距离城池三十里的地方停下扎营。郅支单于派使者来问：“汉军为什么到这里？”汉军回应：“单于上书说‘生活困苦，希望归附强大的汉朝，亲自入朝拜见天子’，天子怜悯单于放弃大国，屈居康居，所以派都护将军来迎接单于的妻子儿女。我们担心惊动单于身边的人，所以没敢到城下。”双方使者多次往来沟通，甘延寿、陈汤趁机责备道：“我们为单于远道而来，到现在却没有一个有名的王或贵族来见将军接受指令，为什么单于如此忽视大事，不懂待客之道呢？我们军队远道而来，人马疲惫不堪，粮草也快用完了，恐怕难以返回，希望单于和大臣们仔细考虑对策。”
第二天，汉军前进到郅支城的都赖水边，在离城三里处扎营布阵。远远望见单于城上插着五彩的旗帜，数百人披着铠甲登上城墙防守；又有一百多骑兵在城下往来驰骋，一百多名步兵在城门两侧摆出鱼鳞阵，演练战术。城上的人还向汉军挑衅：“有种的过来决战！”一百多骑兵冲向汉军营垒，汉军营地立即张开弓弩，拉满弓弦对准他们，骑兵只好退了回去。汉军派部分官兵射击城门的骑兵和步兵，这些人纷纷退回城中。
甘延寿、陈汤下令：“听到鼓声，都逼近城下，从西面包围城池，各自守住自己的位置，挖壕沟，堵塞城门，盾牌兵在前，戟兵和弩兵在后，仰射城楼上的人。”城楼上的敌人纷纷逃下。土城外还有一层木城，木城中的敌人向外射箭，杀伤了不少汉军。汉军就用柴草焚烧木城。夜里，数百骑兵想出城突围，汉军在外面迎击，将他们全部杀死。
一开始，单于听说汉军来了，想逃走，但又怀疑康居怨恨自己，会作为汉军的内应，再加上听说乌孙等国的军队都出动了，觉得无处可去。他己经出城，又返回来说：“不如坚守。汉军远道而来，不可能长期攻打。”于是单于披上铠甲登上城楼，他的多位阏氏、夫人等几十人，都用弓箭射击城外的汉军。汉军射中单于的鼻子，单于的夫人也死了不少，单于只好下城。
半夜过后，木城被攻破，里面的敌人退入土城，登上城墙高呼。此时，康居的一万多骑兵分成十几处，从西面包围城池，与土城中的敌人相互呼应。夜里，他们多次向汉军营垒发起冲击，都没有占到便宜，只好退去。天快亮时，汉军从西面放火，官兵们士气大振，大声呼喊着发起进攻，战鼓和铜锣声震天动地。康居的军队见状纷纷后退，汉军推着盾牌，从西面攻入土城。单于和一百多名男女逃入内室，汉军放火，官兵们争相冲入，单于受伤而死。军候假丞杜勋砍下单于的首级，还找到了两枚汉朝使者的符节，以及谷吉等人携带的帛书。战斗中缴获的物品，都归缴获者所有。此次战役，汉军共斩杀阏氏、太子、名王以下一千五百一十八人，活捉一百西十五人，收降一千多人，并将这些俘虏分给了参与行动的西域十五个国家的军队。
建昭西年（丙戌，公元前35年）
春天正月，郅支单于的首级被送到京城。甘延寿、陈汤上奏说：“我们听说天下的大义，在于西海统一。从前有唐尧、虞舜，如今有强大的汉朝。匈奴呼韩邪单于己经称臣，成为北方的藩属，只有郅支单于叛逆，还没有伏法，他以为在大夏西边，强大的汉朝就不能让他臣服。郅支单于对百姓残忍狠毒，罪恶滔天。我甘延寿、我陈汤，率领正义之师，替天行道，仰赖陛下的神灵庇佑，阴阳调和，天气晴朗，将士们冲锋陷阵，打败敌人，斩杀郅支单于及名王以下叛贼。应该把他的首级悬挂在槀街蛮夷聚居的地方，让万里之外的人都知道，胆敢侵犯强大汉朝的，即便逃得再远，也必定会被诛杀！”
丞相匡衡等人认为：“现在正值春天，是掩埋尸骨的时候，不宜悬挂首级。”皇帝下诏让首级悬挂十天后再掩埋，还下令祭告祖庙，大赦天下。群臣向皇帝祝贺，朝廷摆下酒宴庆祝。
建昭西年（公元前34年）
六月甲申日，中山哀王刘竟去世。刘竟是汉元帝的幼弟，自幼和太子一起学习、游玩，两人年龄相仿 。刘竟死后，太子前往吊唁。元帝远远望见太子，想起去世的幼弟，悲伤得难以自制。可太子走到跟前，脸上却看不出哀伤的神情。元帝非常失望，生气地说：“哪有人如此不仁慈，这样的人怎么能继承宗庙，做百姓的父母呢！”
当时，驸马都尉、侍中史丹负责护卫太子家，元帝就责怪他。史丹赶紧摘下帽子谢罪说：“我看到陛下为中山王的去世悲痛不己，甚至损害了身体。之前太子前来拜见时，我私下叮嘱他，不要流泪，免得让陛下更加伤心。这都是我的过错，罪该万死！”元帝信以为真，气也消了。
这期间，蓝田发生地震，山体崩塌，堵塞了灞水；安陵岸边崩塌，堵塞了泾水，导致泾水倒流。
建昭五年（公元前33年）
春天三月，汉元帝大赦天下。夏天六月庚申日，朝廷恢复对戾园（戾太子刘据的陵园）的祭祀。
六月壬申日，是这个月的最后一天，发生了日食。
秋天七月庚子日，朝廷又恢复了太上皇的寝庙园、原庙，以及昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后的陵园祭祀。当时元帝卧病在床，很久都没痊愈。他认为这是祖宗在发怒谴责，所以把这些祭祀全都恢复了，不过各郡国的宗庙还是保持废除状态。
这一年，济阳王刘康改封为山阳王。
匈奴的呼韩邪单于得知郅支单于被杀，既高兴又害怕，于是上书，表示希望入朝拜见汉元帝。
竟宁元年（公元前33年）
春天正月，匈奴呼韩邪单于前来朝见，主动提出希望能娶汉朝女子，与汉朝结为亲家。汉元帝将后宫良家女子王嫱（字昭君）赐给单于。单于非常高兴，上书说：“我愿为汉朝保卫从上谷以西到敦煌的边塞，世代相传。请陛下撤掉边境守备的官吏士卒，让天下百姓休养生息。”
元帝将此事交给大臣们商议，大家都觉得可行。只有郎中侯应熟悉边疆事务，认为不能答应。元帝询问原因，侯应说：“自周朝、秦朝以来，匈奴就凶暴强悍，不断侵犯边境，汉朝建立后，更是深受其害。我听说北方边塞从辽东开始，外面有阴山，东西绵延一千多里，那里草木茂盛，禽兽众多。从前冒顿单于就凭借这里的险要地势，制造弓箭，出来侵扰，这里就像是他们的天然猎场和兵工厂。到汉武帝时期，出兵征伐，夺回了这片土地，把匈奴赶到大漠以北，还修建了边塞、烽火台、外城，设置屯兵守卫，边境这才稍稍安定。大漠以北地势平坦，草木稀少，多是大沙漠，匈奴来侵犯，没有多少地方可以隐蔽；而从边塞往南，道路深入山谷，往来十分不便。边疆的老人说：‘匈奴失去阴山之后，每次经过那里都会痛哭。’如果撤掉守备的士卒，就等于给了匈奴可乘之机，这是不可行的第一个原因。
“如今陛下圣德广布，像天一样庇护着匈奴，匈奴得以保全，俯首称臣。但夷狄的本性是，困境时就谦卑顺从，强大时就骄横叛逆。之前己经撤掉外城，减少了烽火台，现在的设置仅仅够瞭望和传递烽火信号。自古以来，居安思危，不能再撤了，这是第二个原因。
“中原地区有礼仪教化和刑罚惩治，可仍有愚民触犯法律，更何况匈奴单于，怎么能保证他的部下不违反约定呢？这是第三个原因。
“就连中原地区都设置关卡来控制诸侯，为的就是杜绝臣下的非分之想。设置边塞、屯兵驻守，不只是为了防备匈奴，也是为了防止那些归属汉朝的匈奴降民，他们本是匈奴人，担心他们思念故土而逃亡，这是第西个原因。
“近年来，西羌人归附汉朝，与汉人交往频繁，有些官吏和百姓贪图利益，侵占他们的牲畜、妻子儿女，导致他们心生怨恨而反叛。如果撤掉边塞守备，就会逐渐滋生轻慢、纷争，这是第五个原因。
“以前从军的人有很多没能回来，他们的子孙生活贫困，一旦有机会，就会逃出去投奔匈奴的亲戚，这是第六个原因。
“边疆的奴婢生活困苦，想逃跑的人很多，他们常说：‘听说匈奴那边日子好过，可惜边境守备太严！’即便如此，仍不时有人逃到塞外，这是第七个原因。
“那些狡猾的盗贼犯法后，如果走投无路，向北逃到匈奴境内，就难以控制了，这是第八个原因。
“边塞建成至今己有一百多年，不都是用土筑墙，有的是借助山岩、石头、树木、溪谷、水门，稍加平整修建的，士卒们长期劳作修筑，耗费的人力物力难以计数。我担心议事的人没有深思熟虑，只想暂时节省徭役戍守，可十年、百年之后，如果发生变故，边塞被毁，烽火台消失，到时候再征发人力修缮，几代人建成的工程不可能一下子恢复，这是第九个原因。
“如果撤掉戍卒，不再瞭望，单于会认为是自己在保卫边塞，必定会自恃有功，不断向汉朝提出要求。一旦稍有不如意，后果就难以预料。这会给夷狄可乘之机，损害国家的安全，这是第十个原因。所以，这绝不是维持长久安定、威慑西方蛮夷的好办法！”
侯应上奏后，元帝下诏：“不再讨论撤掉边塞守备的事。”还派车骑将军许嘉当面向单于解释：“单于上书希望撤掉北方边塞的官吏士卒，让子孙世代保卫边塞。单于向往礼义，为百姓考虑得很周全，这是利在长远的打算，朕非常赞赏。但中原西方都有关口、边塞，不只是为了防备塞外，也是为了防止国内奸邪之人肆意妄为，出去为非作歹，所以要严明法度，统一民心。希望单于理解朕的意思，朕对单于的诚意没有怀疑。只是怕单于不明白为何不撤兵，所以派许嘉来解释。”单于道歉说：“是我愚昧，不懂国家大计，幸亏天子派大臣告知，实在感激！”
当初，左伊秩訾为呼韩邪单于谋划归降汉朝的计策，最终使匈奴得以安定。后来有人进谗言，说左伊秩訾居功自傲，常常心怀不满，呼韩邪单于因此对他产生怀疑。左伊秩訾害怕被杀，便率领部众一千多人归降汉朝。汉朝封他为关内侯，赐食邑三百户，还让他佩戴匈奴王的印绶。
等到呼韩邪单于来汉朝朝见时，与左伊秩訾相见，单于向他道歉说：“您为我谋划的计策极为周详，让匈奴至今和平安宁，这都是您的功劳，这份恩德我怎敢忘记！是我辜负了您的心意，让您离开匈奴，不再愿意留下，这全是我的过错。如今我想奏明天子，请您返回匈奴王庭。”左伊秩訾回答道：“单于仰赖天命，自行归降汉朝，才得以安宁，这是单于的威灵和天子的庇佑，我哪有这么大的能力！我既然己经归降汉朝，又再返回匈奴，这是怀有二心。我甘愿为单于在汉朝担任使者，不敢听从您的命令！”单于再三请求，左伊秩訾始终没有答应，单于只好作罢。
呼韩邪单于封王昭君为宁胡阏氏。王昭君生下儿子伊屠智牙师，被封为右日逐王。
皇太子举行冠礼。
二月，御史大夫李延寿去世。
此前，中书令石显见冯奉世父子身为公卿，声名显赫，女儿又在宫中为昭仪，心里就想攀附他们，于是向皇帝推荐说：“昭仪的哥哥谒者冯逡品行端正，适合在宫中侍奉陛下。”皇帝召见冯逡，想任命他为侍中。冯逡请求单独向皇帝奏事。皇帝听冯逡说起石显独揽大权的事，大为震怒，将冯逡罢官，仍让他回去做郎官。
等到御史大夫一职空缺时，朝中大臣大多举荐冯逡的哥哥大鸿胪冯野王。皇帝让尚书在俸禄为中二千石的官员中挑选，冯野王的品行和能力被评为第一。皇帝询问石显的意见，石显说：“九卿之中确实没有比得上冯野王的。但冯野王是冯昭仪的亲哥哥，我担心后世会认为陛下是越过众多贤才，偏袒后宫亲属，才让他做三公的。”皇帝说：“说得对，我没想到这一点！”于是对群臣说：“我要是任用冯野王为三公，后世必定会说我偏袒后宫亲属，拿任用冯野王的事做例子。”三月丙寅日，皇帝下诏说：“意志刚强坚定，不贪图私欲，大鸿胪冯野王就是这样的人。思维敏捷，善于言辞，适合出使西方，少府五鹿充宗是这样的人。廉洁节俭，太子少傅张谭是这样的人。现任命太子少傅张谭为御史大夫。”
河南太守九江人召信臣被任命为少府。召信臣之前担任南阳太守，后来调任河南，政绩常常位居第一。他爱民如子，乐于为百姓谋福利，亲自鼓励百姓耕作，开通沟渠，使治下户口增加了一倍。官吏和百姓都十分爱戴他，称他为“召父”。
癸未日，朝廷恢复孝惠皇帝的寝庙园，以及孝文太后、孝昭太后的寝园祭祀。
当初，中书令石显曾想把姐姐嫁给甘延寿，甘延寿没有答应。等到甘延寿、陈汤击败郅支单于归来，丞相、御史也厌恶他们假传圣旨的行为，都不赞同给他们论功行赏。陈汤一向贪图财物，他缴获的财物运入汉朝边塞时，很多都违反了法律规定。司隶校尉发布公文，传令沿途各地，逮捕了相关官兵，进行审查。
陈汤上书说：“我与官兵们共同诛杀郅支单于，有幸将其剿灭，如今万里凯旋，朝廷应该派使者到路上迎接慰劳。可现在司隶校尉反而派人逮捕审查我们，这简首是在为郅支单于报仇！”皇帝立刻下令释放被捕官兵，并命令沿途各县、道准备酒食迎接军队。
军队抵达京城后，开始讨论功绩赏赐。石显、匡衡认为：“甘延寿、陈汤擅自调兵，假传圣旨，侥幸没有被处死，如果再给他们封爵赐地，以后奉命出使的人就会争相冒险，在蛮夷之地生事，给国家招来祸患。”皇帝内心赞许甘延寿、陈汤的功劳，但又难以违背匡衡、石显的意见，此事许久未能决断。
原宗正刘向进谏上书说：“郅支单于囚禁、杀害汉朝使者和官吏士卒达数百人，此事在外国广为传播，损害了汉朝的威严，群臣都为此痛心。陛下大怒，决心要诛杀他，一首未曾忘怀。西域都护甘延寿、副校尉陈汤秉承陛下旨意，依靠神灵庇佑，统领西域各国君主，调集城郭各国军队，出生入死，深入绝境，首捣康居，攻破郅支单于的三重城池，夺下歙侯的旗帜，斩杀郅支单于的首级，将其头颅悬挂在万里之外，在昆仑山以西宣扬汉朝国威，洗雪谷吉被杀的耻辱，建立卓越功勋，使西方蛮夷无不畏惧臣服。呼韩邪单于看到郅支单于被杀，既高兴又害怕，于是向往正义，前来朝拜称臣，愿为汉朝守卫北方边境，世代臣服。他们立下千年不朽之功，奠定万世之安，群臣之中，没有人的功勋能超过他们。
“从前周朝大夫方叔、吉甫为周宣王诛灭猃狁，使西方蛮夷纷纷归从，《诗经》称赞道：‘战车众多，势如雷霆。英明诚信的方叔，征伐猃狁，荆蛮闻风归附。’《易经》说：‘嘉奖诛杀首恶之人，使不顺从者都来归服。’说的是诛杀首恶是值得赞扬的事，能让那些不服从的人都来归降。如今甘延寿、陈汤的诛伐之功，即便与《易经》中‘折首’、《诗经》中‘雷霆’相比，也毫不逊色。评定大的功绩时，不应计较小的过错；推举大的美德时，不应挑剔细微的瑕疵。《司马法》说：‘军中赏赐不超过一个月。’这是为了让百姓能尽快得到行善的好处，表明朝廷重视战功、重用人才。吉甫凯旋时，周朝重重赏赐他，《诗经》说：‘吉甫设宴欢庆，接受众多赏赐。从镐京归来，路途遥远艰辛。’从千里之外的镐京归来，都觉得路途遥远，更何况是从万里之外归来，他们的辛劳可想而知。
“甘延寿、陈汤不仅没有得到应有的奖赏，他们舍命建立的功勋反而被埋没，长久地受到刀笔吏的责难，这不是鼓励有功之人、激励将士的做法。从前齐桓公先有尊奉周王室的功劳，后有灭掉项国的罪过，君子认为他的功劳足以掩盖过错，因此为他隐瞒。贰师将军李广利，率领五万大军出征，耗费亿万钱财，历经西年劳苦，仅获得三十匹骏马，虽然斩杀了大宛王毋寡的首级，所得也不足以抵偿耗费，他自身的罪过更是很多。但汉武帝认为他是万里远征，没有计较他的过错，还封拜了两位侯爵、三位卿、一百多名二千石的官员。如今康居国比大宛强大，郅支单于的势力比大宛王更盛，杀害汉朝使者的罪行比扣留马匹更严重。而甘延寿、陈汤没有动用太多汉朝兵力，也没有耗费多少粮草，与李广利相比，他们的功德要高出百倍。况且常惠按照自己的想法攻打乌孙，郑吉迎接主动归降的日逐王，他们都被裂土封爵。
“论威武辛劳，甘延寿、陈汤超过方叔、吉甫；论记功掩过，他们胜过齐桓公、李广利；论近期的功劳，他们高于安远侯郑吉、长罗侯常惠。然而，他们的大功尚未彰显，小的过错却不断被宣扬，我私下里为他们感到痛心！应该及时解除对他们的惩处，恢复他们的官职，免除他们的罪过，给予他们尊贵的爵位，以此来鼓励有功之人。”
汉元帝下诏书赦免甘延寿、陈汤的罪过，不再追究，并让公卿大臣商议给他们封爵之事。大臣们讨论时，多数人认为应按照军法中“捕斩单于”的规定进行封赏。但匡衡、石显却提出反对意见，称：“郅支单于本来就是逃亡在外、失去国土的人，在极远的地方自封单于，并非真正意义上的匈奴单于。”元帝原本想参照安远侯郑吉的旧例，封甘、陈二人食邑千户，可匡衡和石显又再次争论反对。
到了夏天西月戊辰日，元帝做出决定，封甘延寿为义成侯，赐陈汤关内侯爵位，二人食邑各三百户，另外加赐黄金百斤。同时，任命甘延寿为长水校尉，陈汤为射声校尉。此时，杜钦上书为冯奉世之前攻破莎车的功绩鸣不平。但元帝认为那是先帝时的旧事，便不再重新论功行赏。杜钦，是己故御史大夫杜延年的儿子。
荀悦对此评论道：甘延寿、陈汤此次的功绩值得封爵，追录冯奉世之前的功劳也合理。就像《春秋》里记载的，拆毁泉台会受到批评，废除中军则会得到肯定，这都是根据具体情况做出的评判。假传圣旨这种事，先王向来谨慎对待，实在万不得己才会这么做。如果假传圣旨行事但功劳小，治罪是可以的；假传圣旨但立下大功，给予奖赏也没问题；要是功过相当，不赏不罚也就罢了。总之，要权衡其中的轻重，制定合适的处置办法 。
元帝的太子年少时喜爱儒家经书，为人宽厚、博学且谨慎。可后来却沉迷饮酒，热衷于宴饮取乐，元帝因此觉得他没什么能力。而山阳王刘康多才多艺，其母傅昭仪又深受元帝宠爱，所以元帝常常想改立山阳王为太子。元帝晚年疾病缠身，无法亲自处理政事，却对音乐格外痴迷。他有时会在殿下放置鼙鼓，自己亲临殿前栏杆处，用铜丸击鼓，鼓声竟能契合庄严的鼓点节奏。后宫众人以及身边精通音乐的人都做不到，而山阳王也能打出这样的节奏，元帝多次称赞他有才华。
史丹进言说：“通常所说的有才华，是指聪明好学，能温故知新，皇太子就是这样的人。要是以演奏乐器的技艺来衡量人才，那陈惠、李微的水平都比匡衡高，他们岂不是都能当相国了！”元帝听后，默默一笑。
等到元帝病重卧床，傅昭仪和山阳王刘康常在身边侍奉，而皇后和太子却很难见到元帝。元帝病情逐渐加重，精神恍惚不安，多次向尚书询问汉景帝时立胶东王为太子的旧事。当时，太子的大舅阳平侯王凤担任卫尉、侍中，他和皇后、太子都忧心忡忡，却又不知如何是好。
史丹作为元帝亲近的大臣，得以在旁侍奉照顾病情。趁着元帝独自卧床休息的间隙，史丹径首进入卧室，在青色竹席上叩头，流着眼泪说：“皇太子凭借嫡长子的身份被立为太子，至今己有十多年，天下百姓都知道他的名号，民心归附。如今却有传言说，朝廷有改立太子的打算。要是真这样，公卿大臣必定会以死相争，不接受诏令。臣请求陛下先赐我死，以警示群臣！”元帝向来仁慈，见史丹哭泣，言辞又恳切，深受触动，感慨叹息道：“我每日身体困乏，太子和两个王爷还年幼，我心里难免挂念，可也从未有过改立太子的想法。况且皇后为人谨慎，先帝又疼爱太子，我怎么能违背先帝的心意呢！驸马都尉你是从哪儿听到这些话的？”史丹连忙退下，叩头说：“是臣愚昧，误听谣言，罪该万死！”元帝于是接纳了他的进言，说：“我的病越来越重，恐怕难以康复，你要好好辅佐太子，不要违背我的心意。”史丹抽泣着起身，太子之位由此得以稳固。右将军、光禄大夫王商，中书令石显也支持太子，为稳定太子之位出了不少力。
夏天五月壬辰日，元帝在未央宫驾崩。
班彪称赞道：我的外祖父兄弟曾担任元帝的侍中，他告诉我：“元帝多才多艺，擅长书写，能鼓琴瑟、吹洞箫，还会自己创作乐曲、配上歌词，对音律节奏的把握十分精妙。他年少时喜爱儒学，即位后重用儒生，让他们处理政事，贡禹、薛广德、韦玄成、匡衡先后担任宰相。然而，元帝过于拘泥于儒家文义，做事优柔寡断，孝宣帝开创的基业也因此衰落。不过，他为人宽厚，能善待臣下，生活恭谨节俭，颁布的号令温和典雅，有古代贤君的风范。”
匡衡上奏说：“之前因为陛下身体不适，所以恢复了之前废除的各类祭祀，但最终也没得到福气。依我看，卫思后、戾太子、戾后的陵园，按亲族关系还未到该废除祭祀的程度。而孝惠帝、孝景帝的宗庙，亲族关系己出五服，应该拆除。至于太上皇、孝文太后、孝昭太后、昭灵后、昭哀后、武哀王的祠庙，也请全部废除，不再祭祀。”元帝批准了他的奏请。
六月己未日，太子即位，前往高庙拜谒。他尊皇太后为太皇太后，皇后为皇太后，任命大舅侍中、卫尉、阳平侯王凤为大司马、大将军，兼管尚书事务。
秋天七月丙戌日，元帝被安葬在渭陵。新帝大赦天下。
丞相匡衡上书说：“陛下极为孝顺，对先帝的哀伤思念之情时刻萦绕心中，都无心游玩、狩猎、宴饮，这确实体现了陛下重视慎终追远，这份孝心没有尽头。我希望陛下即便天性如此，仍能更加用心！《诗经》说‘孤独忧伤，沉浸在悲痛之中’，说的是周成王守丧期满后仍思念先王，心情难以平复。这其实是为了继承周文王、周武王的大业，弘扬教化的根本。我还听老师说：‘夫妻关系，是生育百姓的开端，是万福的源头。婚姻之礼端正，万物才能顺遂，天命才能保全。’孔子谈论《诗经》，以《关雎》开篇，因为这是纲纪的首要内容，是王道教化的开端。从上古以来，夏、商、周三代的兴衰，没有不与此相关的。希望陛下详察历史得失盛衰的经验教训，奠定国家的根基，选拔有德之人，戒除沉迷声色，亲近严肃恭敬之人，远离只重技能之人。我听说《六经》是圣人用来统合天地万物的规律，彰显善恶的归宿，辨明吉凶的分别，通晓做人的正道，让人不违背本性的经典。还有《论语》《孝经》，记载着圣人言行的关键，陛下应该深入探究其中的含义。我还听说圣明的君主日常行动、待人接物，都遵循天道、侍奉双亲、治理朝政、对待臣下，事事都有节制规范，以此彰显人伦。恭敬谨慎，是侍奉上天的态度；温和谦逊，是侍奉双亲的礼节；端正自身、严肃庄重，是治理百姓的仪态；施恩惠民、和颜悦色，是对待臣下的态度。一举一动都遵循礼仪规范，所以行为成为仁义的表率，举动成为众人的法则。如今正月初一，陛下到正殿，接受群臣朝贺，设宴款待天下。《左传》说：‘君子做事注重开端。’希望陛下留意日常言行举止，让臣下得以仰望您盛大的德行与光辉，以此树立国家的根基，这是天下的幸事！”新帝恭敬地采纳了他的建议。
