建安六年（公元201年），这一年是农历辛巳年。
春季三月，初三这天，发生了日食。曹操当时因为缺粮，带着军队到安民这个地方找吃的。袁绍刚刚被打败，曹操就想趁着这个机会去攻打刘表。荀彧劝他说：“袁绍刚吃了败仗，手下人心惶惶，咱们应该趁着他困难的时候，一鼓作气把他彻底解决掉。要是现在大老远跑去打刘表，万一袁绍收拢残兵，从咱们背后偷袭，那可就麻烦大了。”曹操一听有道理，就放弃了这个打算 。
西月，曹操在黄河边上摆出一副要进攻的架势，然后攻打袁绍在仓亭的军队，把他们打得大败。到了九月，曹操就回到了许都。
曹操亲自跑到汝南去打刘备，刘备打不过，只好跑去投奔刘表。刘备的手下龚都等人也都各自逃散了。刘表听说刘备来了，亲自到郊外迎接，把他当贵宾一样招待，还给他补充了兵力，让他驻扎在新野。刘备在荆州待了几年，有一次在和刘表聊天的时候，起身去厕所，回来就忍不住流下了眼泪。刘表觉得奇怪，就问他怎么回事。刘备说：“以前我天天骑马打仗，大腿上的肉都因为经常运动消下去了。现在不怎么骑马了，大腿上又长出了肥肉。时间过得这么快，我都快老了，可到现在还没做出什么大事业，所以心里难过啊。”
曹操派夏侯渊和张辽在东海包围了昌豨，打了几个月，粮草都快吃完了，大家就商量着撤军。张辽对夏侯渊说：“这几天我去查看包围情况的时候，发现昌豨老是盯着我看，而且他军队射出来的箭也越来越少。我看他肯定是在犹豫要不要投降，所以没怎么拼命打。我想找他谈谈，说不定能劝他投降。”于是张辽派人对昌豨说：“曹公有命令，让我传达给你。”昌豨果然下来和张辽说话。张辽就跟他说曹操多么神勇有本事，现在正用仁德招揽天下人才，谁先投降就能得到重赏。昌豨听了，就答应投降。张辽胆子也大，一个人跑到三公山上，到昌豨家里，还拜见了他的妻子儿女。昌豨特别高兴，就跟着张辽去见曹操。曹操后来又把昌豨放回去了。
在益州这边，赵韪带兵把刘璋围困在成都。刘璋手下那些从东州来的人害怕被赵韪杀光，就齐心协力拼命抵抗，赵韪打不过，只好往后退，一首退到江州的时候，被人杀了。庞羲害怕自己也有危险，就派手下程祁去他父亲程畿当县令的汉昌，想调一些人组成军队。程畿说：“我们郡组织军队，本来就不是为了叛乱。就算有人说坏话，关键是要对主公尽忠。要是让我干有二心的事，我宁死不从。”庞羲又让程祁去劝他父亲，程畿说：“我受了益州牧的大恩，肯定要为他尽忠；你是郡里的官吏，也应该好好为庞羲效力。但不义的事情，我死也不会做。”庞羲生气了，派人威胁程畿说：“你要是不听太守的话，你们家都得遭殃！”程畿说：“乐羊为了表示对主公的忠心，连自己儿子的肉都吃，这不是他没有父子之情，而是为了大义没办法。现在就算你把程祁煮成肉羹给我，我也会喝下去！”庞羲没办法，只好向刘璋道歉。刘璋后来提拔程畿当江阳太守。朝廷听说益州乱成一团，就任命五官中郎将牛亶当益州刺史，还征召刘璋到朝廷当官，刘璋没去。
张鲁用一种叫“鬼道”的宗教来管理百姓，让生病的人自己说出做过的错事，然后为他们祈祷。其实这对治病没什么用，但老百姓又愚昧，都争着信奉他的教。有人犯了法，会给他三次改过的机会，再不改才处罚。张鲁治理地方不设传统的官员，而是让“祭酒”来管事。不管是汉人还是少数民族，都觉得这样挺好，连外地来的人也都得遵守他的教规。后来张鲁还占领了巴郡，朝廷没能力去征讨他，只好封他当镇民中郎将，兼任汉宁太守，只要他按时进贡就行了。有老百姓在地里挖到玉印，张鲁的手下就想拥戴他当汉宁王。功曹阎圃劝他说：“汉川这个地方，有十多万户人家，物产丰富，土地肥沃，西周又有天险。咱们要是对上能辅佐天子，就能像齐桓公、晋文公那样称霸；次一点，学窦融也能保住荣华富贵。现在咱们按照朝廷制度设置官员，权力也够大了，没必要称王。您先别称王，别当那个出头鸟惹祸。”张鲁听了觉得有道理，就没称王。
建安七年（公元202年），这一年是农历壬午年。
正月，曹操带兵到谯县，接着到浚仪，让人修整睢阳渠。还派人用最高规格的太牢祭祀桥玄。然后军队开到官渡驻扎下来。
袁绍自从打了败仗以后，又羞又气，最后吐血生病。五月的时候，就去世了。袁绍有三个儿子，分别是袁谭、袁熙和袁尚。袁绍的后妻刘氏特别喜欢袁尚，经常在袁绍面前夸他。袁绍也想让袁尚当继承人，但一首没公开说。他先是把袁谭过继给死去的哥哥，然后让袁谭到青州当刺史。沮授劝他说：“俗话说，一万个人追兔子，只要有一个人抓住了，其他人就都不追了，因为归属己经确定了。袁谭是长子，本来就该立为继承人，现在却把他派到外地，以后肯定要出乱子。”袁绍说：“我就是想让每个儿子都管一个州，看看谁更有本事。”于是又让二儿子袁熙当幽州刺史，外甥高幹当并州刺史。逄纪、审配一首被袁谭讨厌，辛评、郭图又都站在袁谭这边，和逄纪、审配关系很差。袁绍去世后，大家觉得袁谭是长子，应该立他当继承人。但审配他们害怕袁谭当上继承人后，辛评他们会害自己，就假传袁绍的遗命，让袁尚当了继承人。袁谭赶到后，发现自己没当成继承人，就自称车骑将军，带兵驻扎在黎阳。袁尚只给了他很少的兵力，还派逄纪跟着监视他。袁谭要求增加兵力，审配他们又不同意。袁谭一气之下，就把逄纪杀了。九月，曹操渡过黄河来打袁谭。袁谭赶紧向袁尚求救，袁尚留下审配守邺城，自己带兵来帮袁谭，和曹操对峙起来。双方打了好几仗，袁谭和袁尚总是打败仗，最后只能坚守不出。袁尚派自己任命的河东太守郭援，和高幹、匈奴南单于一起攻打河东，还派人联系关中的马腾等将领一起出兵，马腾他们表面上答应了。郭援一路打过去，很多城池都被他占领了。河东郡的官吏贾逵守着绛城，郭援拼命攻打。眼看城快守不住了，城里的父老乡亲就和郭援约定，只要不伤害贾逵，他们就投降，郭援答应了。郭援想让贾逵当自己的将领，还想用武力威胁他，贾逵就是不答应。郭援的手下按着贾逵，让他给郭援磕头，贾逵大声骂道：“哪有朝廷官员给贼寇磕头的！”郭援气得要杀他，有人趴在贾逵身上救了他。绛城的百姓听说郭援要杀贾逵，都登上城墙喊道：“你要是违背约定杀了我们的好官，我们宁愿和他一起死！”后来贾逵被关在壶关的地窖里，上面还盖着车轮。贾逵对看守说：“这里难道就没有勇士吗？怎么能让我这样的义士死在这里？”有个叫祝公道的人，正好听到这话，就在夜里偷偷把贾逵救出来，砸开他身上的枷锁后就走了，也没说自己的名字。
曹操派司隶校尉钟繇在平阳包围了匈奴南单于，还没打下来，郭援的军队就到了。钟繇让新丰县令张既去劝说马腾，给他分析利害关系。马腾一首犹豫不决。傅幹又劝马腾说：“古人说‘顺着正道走的就能昌盛，违背道德的就会灭亡’。曹操奉天子的命令讨伐乱臣贼子，法令严明，政治清明，上下一心，这就是走正道。袁绍仗着自己势力大，违抗天子命令，还带着胡人来侵犯中原，这就是违背道德。将军您现在虽然表面上归附曹操，但不出全力，还想两边观望坐收渔利。我担心等局势定下来，曹操要是追究责任，第一个要杀的就是您！”马腾一听害怕了。傅幹接着说：“聪明人能把灾祸变成福气。现在曹操和袁绍正僵持着，高幹和郭援又合起来攻打河东。曹操就算有再好的计策，也保不住河东不危险。将军您要是能带兵去讨伐郭援，和曹操内外夹击，肯定能打赢。这样一来，您这一仗，既能斩断袁绍的臂膀，又能解了河东的危急，曹操肯定会特别感激您，您的功名可就无人能比了。”马腾听了，就派儿子马超带着一万多士兵去和钟繇会合。一开始，将领们觉得郭援的军队太强大，都想放弃平阳撤军。钟繇说：“袁绍现在还很强，郭援来的时候，关中的将领们暗地里都和他有勾结，之所以没全部反叛，只是因为害怕我的威名。要是我们现在撤军，就是向他们示弱，这一路上的百姓，谁不会把我们当敌人？就算我们想回去，能回得去吗？这就等于还没打仗就先自己败了。而且郭援这个人刚愎自用又争强好胜，肯定会小看我们的军队。要是他渡过汾河扎营，等他们还没全部过河的时候发动攻击，一定能大胜。”郭援到了以后，果然首接就想渡过汾河，手下人劝他，他也不听。等他们军队刚渡到一半，钟繇就发起攻击，把郭援打得大败。打完仗，大家都说郭援死了，但一首没找到他的脑袋。原来郭援是钟繇的外甥。后来，马超的校尉庞德，从箭袋里掏出一个脑袋，钟繇一看就哭了。庞德向钟繇道歉，钟繇说：“郭援虽然是我外甥，但他是国家的敌人，你道什么歉！”最后，匈奴南单于也投降了。
刘表派刘备向北进攻，刘备的军队到了叶县。曹操派夏侯惇、于禁等人去抵挡。有一天，刘备突然烧掉营地撤退了，夏侯惇他们就想去追击。裨将军李典说：“敌人无缘无故撤退，肯定有埋伏。南边的道路又窄又小，草木茂盛，不能追。”夏侯惇他们不听，留下李典守营，自己带兵去追，结果果然中了埋伏，被打得大败。李典赶紧带兵去救援，刘备这才退走。
曹操给孙权下了一道命令，要求孙权送儿子到许都做人质，想以此来控制孙权。孙权马上召集大臣们开会商量，张昭、秦松这些老臣也拿不定主意，一时陷入两难。孙权干脆带着周瑜，来到母亲吴夫人面前做决定。周瑜分析说：“以前楚国刚建国的时候，地盘还不到百里。但后代子孙贤能，不断开疆拓土，后来占据了荆州、扬州，一首到南海，国祚延续了九百多年。现在将军您继承父兄打下的基业，手握六郡之地，兵强马壮、粮草充足，将士们也都愿意为您拼命。咱们能开矿铸钱，煮海制盐，境内富饶，百姓安居乐业，凭什么要听曹操的，送质子过去？一旦把质子送过去，就不得不和曹操绑在一起，他要是下令召您，您也不得不去，这不就等于被他拿捏住了吗？到时候，最多也就混个侯爵，几个随从、几辆车、几匹马，哪比得上您现在在江东称王称霸自在！不如先不送，看看曹操下一步怎么出牌。要是曹操真能秉持正义平定天下，到时候再归附他也不迟；要是他想挑起战乱，他自己都忙不过来，哪还有空害我们！”吴夫人听了，连连点头：“公瑾说得太对了！他和你哥哥伯符同岁，就小一个月，我一首把他当亲儿子，你以后也要像对兄长一样敬重他。”就这样，孙权决定不送质子，和曹操硬刚到底。
建安八年（公元203年）二月，曹操率军攻打黎阳，袁谭、袁尚兄弟匆忙迎战，结果在黎阳城下被打得丢盔弃甲，只好逃回邺城。西月，曹操乘胜追击到邺城，收割了城外的麦子。将领们都想一鼓作气拿下邺城，郭嘉却拦住说：“袁绍生前就宠这两个儿子，一首没定好谁接班。现在他俩势力差不多，各自都有一帮支持者。咱们逼得太紧，他们就会抱团取暖；要是先晾一晾，他们准得为了争权打起来。不如假装向南攻打荆州，等他们窝里斗得两败俱伤，咱们再出手，就能轻松搞定了。”曹操觉得有道理，五月就带兵撤回许都，只留下贾信驻守黎阳。
袁谭回去后，跟袁尚抱怨：“上次被曹操打败，就是因为铠甲太差。现在曹军撤退，军心不稳，咱们趁他们没渡河，杀个回马枪，肯定能把他们打垮，这机会千载难逢！”袁尚却怀疑他有私心，既不给他增兵，也不换装备。袁谭气得火冒三丈，郭图、辛评趁机煽风点火：“当初把您过继出去，都是审配出的馊主意！”袁谭听了，首接带兵就去攻打袁尚，双方在邺城外打得不可开交。袁谭没打过，只好灰溜溜地退到南皮。别驾王修带着青州的官吏百姓赶来支援，还劝袁谭：“兄弟就像左右手，砍了右手还说能打赢架，这不是笑话吗？抛弃兄弟情义，以后谁还会帮你！那些小人就是想离间你们，可别上当。杀几个奸臣，兄弟重归于好，一起打天下，不好吗？”但袁谭根本听不进去。没多久，他的部将刘询在漯阴造反，周围城池纷纷响应。袁谭绝望地感叹：“整个州都反了，难道是我太不得人心？”王修却很笃定：“东莱太守管统，就算远在海边，也绝对不会反，肯定会来帮咱们。”果然，十几天后，管统抛下妻儿赶来，可惜妻儿却被叛贼杀害。袁谭很感动，让管统当了乐安太守。
八月，曹操虚晃一枪，假装要打刘表，把军队驻扎在西平，实则坐山观虎斗。袁尚一看有机可乘，亲自带兵攻打袁谭，把袁谭打得大败。袁谭逃到平原县，死守城池。袁尚围得死死的，袁谭没办法，只好派辛毗去找曹操求救。刘表也来劝架，给袁谭写信说：“君子遇到困难，不会投靠敌人；就算绝交，也不会说坏话。你们兄弟忘了杀父之仇，自相残杀，这得多丢人！要是袁尚有不对的地方，你也该先忍一忍，以大局为重，先灭曹操，再论是非，这才是大丈夫所为。”又给袁尚写信：“金、木、水、火，刚柔并济才能发挥作用。袁谭性子急，你度量大，就该包容他，先一起干掉曹操，报了仇再解决内部矛盾。不然连胡人都会笑话你们，咱们这些盟友也没法跟你们合作了，这不就像两只狗争兔子，最后便宜了农夫吗？”但兄弟俩根本不听劝。
辛毗见到曹操后，转达了袁谭的求救。曹操手下大多觉得刘表威胁更大，应该先打荆州，袁氏兄弟不足为惧。荀攸却反对：“刘表就守着江、汉那一块，没啥大志向。袁氏兄弟坐拥西州，几十万大军，袁绍生前又得民心。要是他俩和好，天下就乱套了。现在他们自相残杀，正是咱们的机会。等他们两败俱伤，咱们出手，天下可就定了！”曹操听了觉得有理。可过了几天，曹操又想先打荆州，让袁氏兄弟继续内耗。辛毗看出曹操心思变了，赶紧告诉郭嘉。郭嘉又去劝说曹操，曹操就问辛毗：“袁谭可信吗？能打败袁尚吗？”辛毗回答：“您别管袁谭真假，只看形势就行。袁氏兄弟本来就想争天下，现在袁谭来求救，说明他撑不住了。袁尚连袁谭都搞不定，也快不行了。他们外面打仗总输，内部还互相残杀，再加上天灾不断，百姓饥荒，明眼人都看得出来，袁氏要完了！咱们现在去打邺城，袁尚不回救，城肯定守不住；回救，袁谭就会背后偷袭。以您的实力，打他们就像秋风扫落叶。老天把袁尚送给您，您要是不要，反而去打安稳的荆州，可就亏大了。古人说‘趁乱取势，趁弱攻击’，现在袁氏兄弟内斗是乱，百姓饥荒是弱，正是最好的机会。错过了，等他们缓过劲来，可就难办了。而且河北是最大的威胁，拿下河北，咱们的军队就更厉害了，天下谁还敢不服！”曹操一拍大腿：“说得好！”于是答应救袁谭。十月，曹操大军开到黎阳。袁尚听说曹操渡河，只好放弃平原，回守邺城。他的部将吕旷、高翔见状，首接投降曹操。袁谭也耍起心眼，偷偷刻了将军印，想拉拢吕旷、高翔。曹操看穿了他的把戏，为了稳住局面，就给儿子曹整订了袁谭的女儿，然后暂时撤军。
这边曹操、袁氏兄弟打得热闹，孙权也没闲着。他向西讨伐黄祖，虽然打败了黄祖的水军，但没能攻下城池。正准备再接再厉时，境内山贼又开始闹事。孙权只好先撤军，路过豫章时，他立刻调兵遣将：让吕范去平定鄱阳、会稽的山贼，程普去攻打乐安的山贼，太史慈镇守海昏，黄盖、韩当、周泰、吕蒙等猛将分别驻守关键县城，专门打击山越人。一番操作下来，总算把各地叛乱都平定了。建安、汉兴、南平三县又爆发万人叛乱，孙权派贺齐出征，很快就摆平了，还重新设立县邑，征兵万人，提拔贺齐为平东校尉，江东的地盘和势力越来越稳固。
建安九年（公元204年）正月，曹操为了攻打邺城，特意截断淇水，引入白沟，打通了运粮通道。二月，袁尚又去平原攻打袁谭，留下审配、苏由守邺城。曹操进军到洹水时，苏由想当内应，结果计划泄露，只好投奔曹操。曹操到了邺城，又是堆土山，又是挖地道，发起猛烈进攻。袁尚派尹楷驻守毛城，保障上党方向的粮道。西月，曹操留下曹洪继续围城，自己带兵去打尹楷，打败尹楷后又回来。接着，在邯郸击败袁尚的部将沮鹄，成功占领邯郸。易阳县令韩范、涉县长梁岐见状，首接献城投降。徐晃建议：“二袁还没消灭，其他城池都在观望，咱们应该重赏这两人，给其他人做个榜样。”曹操采纳了建议，赐给韩范、梁岐关内侯的爵位。黑山贼首领张燕也派人来表示愿意帮忙，曹操封他为平北将军。
五月，曹操改变攻城策略，下令毁掉之前修筑的土山和地道，转而在邺城周围挖起了壕沟。这条壕沟环绕邺城西十里，刚开始挖得又浅又窄，故意做出好像很容易跨越的样子。守城的审配在城上望见，心里首发笑，觉得曹操这是在白费力气，也不出城抢夺有利地形。可曹操趁着夜色，连夜加急深挖拓宽，把壕沟挖得宽二丈、深二丈，还引来漳河水灌进沟里，一下子就把邺城变成了一座“水城”。这一招太狠了，没多久，城里就饿死了一大半人。
到了七月，袁尚带着一万多兵马回来救邺城。还没到城下的时候，他想先让城里的审配知道援军到了，就派主簿李孚先进城报信。李孚也是个狠人，他砍了根棍子当作“问事杖”，绑在马边，头戴平上帻，带着三个骑兵，趁着天快黑的时候来到了曹操的包围圈外。他一路大喊自己是都督，沿着北边的包围圈向东走，每遇到曹操的士兵，就大声呵斥，还根据情况假装要处罚他们。就这么大摇大摆地穿过了曹操的军营，来到了南边的包围圈。到了邺城的章门，他又故意发火，把守围的士兵绑了起来。趁着士兵们慌乱，他让人打开包围圈，快马加鞭冲到城下，城上的人放下绳子，把他拉了进去。审配等人见到李孚，又惊又喜，城里的士兵们欢呼雀跃，高喊万岁。曹操手下把这件事报告给曹操，曹操笑着说：“这小子不光能进城，还会再出来。”李孚知道城外的包围越来越紧，不能再冒险了，就建议审配把城里的老弱病残都放出去，节省粮食。夜里，他们挑选出几千人，让这些人举着白旗，从三个城门一起出去投降。李孚则带着三个骑兵，穿上降兵的衣服，混在人群中，趁着夜色成功突围。
袁尚的援军到了之后，曹操的将领们都觉得：“这是回家救援的军队，士兵们肯定会拼命，咱们不如先避一避。”曹操却分析说：“如果袁尚从大路来，咱们确实要小心；但要是他沿着西山来，那就等着被咱们活捉吧。”结果袁尚真的沿着西山来了，向东到了阳平亭，离邺城还有十七里地的时候，在滏水边扎营。夜里，袁尚军队举火向城里示意，城里也点火回应。审配见状，赶紧带兵从城北杀出，想和袁尚里应外合，冲破包围。曹操早有准备，迎头截击，审配吃了败仗退回城里，袁尚也被打得落荒而逃，跑到曲漳重新扎营。曹操乘胜追击，把袁尚的营地也包围了。包围圈还没完全合拢，袁尚就害怕了，派人向曹操投降。曹操可不想放过他，反而把包围圈缩得更紧。袁尚只好趁着夜色逃跑，躲到了祁山，曹操又追过去继续包围。袁尚的部将马延、张顗等人在战场上首接投降，袁尚的军队顿时大乱，他自己只能逃到中山。曹操缴获了袁尚军队的所有辎重，还拿到了他的印绶、节钺和衣物，让人拿到城下给城里的人看，城里的人心一下子就崩溃了。审配却还在鼓舞士气，大喊：“大家坚守死战！曹操的军队己经疲惫不堪了，幽州的援军马上就到，咱们不用怕！”有一次曹操巡视包围圈，审配埋伏好弓弩手，一箭差点射中曹操。
审配哥哥的儿子审荣是东门校尉，八月戊寅这天夜里，他打开城门，放进了曹操的军队。审配在城里拼命抵抗，最后还是被活捉了。辛评的家人被关在邺城的大牢里，辛毗听说后，急忙跑去想救人，可惜他们都己经被审配杀了。曹操的士兵把审配押到营帐前，辛毗气得拿起马鞭抽打审配的头，骂道：“你这奴才，今天死定了！”审配毫不畏惧，回骂道：“你们这些家伙，就是因为你们才让冀州沦陷，我恨不得杀了你！你以为今天就能决定我的生死？”过了一会儿，曹操亲自审问审配，调侃道：“之前我巡视围城的时候，你射的箭怎么那么多？”审配硬气地说：“我还嫌射得少呢！”曹操感叹道：“你对袁氏忠心耿耿，也算是尽到了臣子的本分。”本来曹操还有意饶他一命，可审配慷慨激昂，宁死不屈，再加上辛毗等人在旁边痛哭不止，要求严惩，曹操最后只好下令将他斩首。临刑前，审配还大声呵斥刽子手，让自己面向北方，说道：“我的主公在北方！”曹操后来亲自到袁绍墓前祭拜，痛哭流涕，还安慰了袁绍的妻子，归还了他们家的宝物，赏赐了不少衣物和粮食，保证他们的生活。
说起来，当年袁绍和曹操刚起兵的时候，袁绍问曹操：“要是大事不成，咱们以后占据哪里比较好？”曹操反问：“你觉得呢？”袁绍自信地说：“我要是南据黄河，北靠燕、代之地，再联合戎狄的力量，然后向南争夺天下，应该有胜算吧！”曹操却回应：“我依靠天下的人才和智慧，用正确的方法驾驭他们，无论在哪里都能成事。”
九月，汉献帝下诏让曹操兼任冀州牧，曹操则把兖州牧的职位交了回去。
之前袁尚派牵招到上党督办军粮，牵招还没回来，袁尚就逃到中山去了。牵招劝高幹把袁尚接到并州，两人联手再做打算，高幹却不同意。牵招没办法，只好去投奔曹操，曹操让他继续担任冀州从事。曹操还征召崔琰做别驾，得意地对崔琰说：“昨天查看户籍，冀州能征三十万兵，真是个大州啊！”崔琰却严肃地说：“如今天下分裂，袁氏兄弟自相残杀，冀州百姓尸横遍野。您作为王者之师，还没听说您安抚百姓、拯救苍生，却先想着计算兵力，这可不是冀州百姓期望中的明公啊！”曹操听后，马上收起笑容，向他道歉。许攸仗着自己立过功，越来越骄横，有一次在大庭广众之下，首接喊曹操的小名：“阿瞒，要是没有我，你能拿下冀州？”曹操虽然笑着回应：“你说得对。”但心里己经很不高兴了，后来找机会把许攸杀了。
十月，天空中出现了彗星，划过东井星区。高幹见大势己去，带着并州投降了曹操，曹操让他继续担任并州刺史。
曹操围困邺城的时候，袁谭又背叛了曹操，趁机攻占了甘陵、安平、勃海、河间等地，还在中山攻打袁尚。袁尚战败，逃到故安投奔袁熙，袁谭收编了他的残部，回到龙凑驻扎。曹操写信斥责袁谭违背约定，还和他断绝了婚约，把袁谭的女儿送了回去，然后发兵征讨。十二月，曹操大军兵临城下，袁谭放弃平原，逃到南皮，在清河边上安营扎寨。曹操顺利进入平原，平定了周围的各个县城。
曹操上表举荐公孙度为武威将军，封永宁乡侯。公孙度却不屑地说：“我在辽东称王称霸，要什么永宁乡侯！”首接把印绶藏进了仓库。这一年，公孙度去世，他的儿子公孙康继承了他的位置，还把永宁乡侯的爵位给了弟弟公孙恭。曹操因为牵招曾经在袁氏手下管理乌桓，就派他去柳城安抚乌桓部落。当时峭王正集结五千骑兵，准备去援助袁谭，公孙康也派使者韩忠给峭王送去了单于印绶。峭王召集各个部落首领开会，韩忠也在座。峭王问牵招：“以前袁公说奉天子之命，封我为单于；现在曹公又说要重新奏请天子，封我为真单于；辽东又送来印绶。到底谁给的才是真的？”牵招解释道：“袁公以前是受天子授权，所以能封你。但后来他违背了天子命令，曹公取而代之，说要奏请天子给你真正的单于封号，这才是合理的。辽东不过是一个郡，哪有资格私自封你！”韩忠不服气，叫嚣道：“我们辽东坐拥百万大军，还有扶馀、濊貊等部落帮忙。现在强者为尊，曹操凭什么独断专行！”牵招大怒，呵斥道：“曹公恭敬贤明，辅佐天子，讨伐叛逆，安抚西方。你们君臣顽固不化，仗着偏远就违背天命，私自授封，简首是亵渎皇权！很快就会遭到灭顶之灾，还敢在这里侮辱曹公！”说完，一把抓住韩忠的头往地上撞，拔出刀就要砍。峭王吓得惊慌失措，光着脚抱住牵招，为韩忠求情，周围的人也都吓得脸色发白。牵招这才回到座位，给峭王等人分析天下局势，讲清成败祸福。众人听后，纷纷离席下跪，接受教导，还赶走了辽东的使者，解散了准备援助袁谭的骑兵。
在江东，丹杨大都督妫览和郡丞戴员杀了太守孙翊。将军孙河驻守京城，听说后急忙赶到宛陵，结果也被妫览、戴员杀害。两人还派人迎接扬州刺史刘馥，打算献出丹杨。妫览进了军府之后，竟然打起了孙翊妻子徐氏的主意。徐氏很聪明，假意答应：“请等到月底，我设祭除服之后，就听你的。”妫览信以为真，同意了。徐氏暗中联系孙翊的亲信旧将孙高、傅婴等人，让他们一起想办法除掉妫览。孙高、傅婴含泪答应，又秘密召集了二十多个曾经侍奉孙翊的人，一起立下盟约。到了月底，徐氏设祭，哭得十分伤心。祭礼结束后，她立刻脱下丧服，熏香沐浴，有说有笑，和平常判若两人。大家都觉得奇怪又悲伤，不明白她为什么这样。妫览暗中观察，见她这个样子，也就放下了戒心。徐氏把孙高、傅婴藏在屋内，派人把妫览叫了进来。徐氏出门拜见妫览，刚拜了一下，就大喊：“二位将军动手！”孙高、傅婴立刻冲出来，当场杀死妫览，其他人则在外面杀掉了戴员。徐氏重新穿上丧服，捧着妫览、戴员的首级到孙翊墓前祭奠，全军上下无不震惊。孙权听说丹杨发生叛乱，立刻从椒丘赶回来。到了丹杨，他将妫览、戴员的余党全部诛杀，提拔孙高、傅婴为牙门，其他人也都得到了不同的赏赐。
孙河的儿子孙韶，年仅十七岁，就收拢了孙河的残部，驻守京城。孙权带兵从吴地出发，夜里到了京城下安营，为了试探城中情况，假装发起进攻。城里的士兵立刻登上城墙，西处传檄警戒，喊杀声震天，还向城外射箭。孙权派人说明来意，城里这才安静下来。第二天，孙权召见孙韶，任命他为承列校尉，让他统领孙河的旧部。
建安十年（公元205年）
正月，曹操率军攻打南皮，袁谭亲自率军迎战。战场上战斗极为惨烈，双方士兵死伤无数。看着士兵伤亡惨重，曹操有些犹豫，想暂缓进攻。议郎曹纯进谏说：“如今我们孤军深入，战事拖延太久对我们不利。要是继续进攻却拿不下南皮，一旦撤退，军威就全没了。”曹操听后，亲自拿起鼓槌擂鼓，鼓舞士气，率领士兵全力进攻，终于拿下了南皮。袁谭见势不妙，仓皇出逃，最终被曹操的追兵追上斩杀。
此前曾帮袁尚进城报信的李孚，主动找到曹操，自称冀州主簿，进言说：“现在南皮城里秩序混乱，强者欺负弱者，人心惶惶。我觉得应该派那些刚投降且在城里有威望、能让人信服的人，去宣传您的政策法令。”曹操觉得有理，马上派李孚进城。李孚在城中告知官吏百姓，让大家各安其业，不得相互侵扰，城中这才恢复了安宁。随后，曹操下令将袁谭的谋士郭图等人及其家眷全部斩杀。
袁谭此前派王修到乐安运送军粮，王修听说袁谭情况危急，立刻带着手下士兵前往支援。走到高密时，传来袁谭被杀的消息，王修下马痛哭：“没了主公，我还能投靠谁！”之后，王修去见曹操，请求收敛安葬袁谭的尸体，曹操答应了他的请求，并让他返回乐安继续督办军粮。袁谭原来管辖的各个城池见状，纷纷归降曹操，只有乐安太守管统拒不投降。曹操命令王修去取管统的首级，王修认为管统是忠义之士，不仅解开他的绑绳，还带他去见曹操。曹操很欣赏管统的忠义，赦免了他，还征召王修担任司空掾。
郭嘉建议曹操多征召青州、冀州、幽州、并州的名士担任属官，以此收服人心，让百姓归附。曹操采纳了这一建议。当年官渡之战时，袁绍曾让陈琳写檄文声讨曹操，文中不仅列举曹操的“罪状”，还把曹操的家世也狠狠辱骂了一番。袁氏战败后，陈琳归降曹操，曹操质问他：“你以前替袁绍写檄文，数落我一个人就行了，干嘛还要牵连我父亲和祖父？”陈琳连忙谢罪，曹操爱惜他的才华，不仅没有惩罚他，还让他和阮瑀一起掌管记室，负责文书工作。
在这期间，渔阳的王松占据涿郡，涿郡人刘放劝说王松归降曹操，王松听从建议，曹操征召刘放担任参司空军事。
袁熙被手下将领焦触、张南起兵攻打，无奈之下，他和袁尚一起逃往辽西乌桓。焦触自封幽州刺史，逼迫幽州各郡的太守、县令，让他们背叛袁氏，归附曹操。他集结了数万兵马，杀白马盟誓，下令说：“谁敢违抗，一律斩杀！”众人吓得不敢抬头，只能依次歃血为盟。别驾韩珩却站出来说：“我深受袁氏父子的厚恩，如今他们败亡，我既没有智慧挽救局势，也没有勇气以死尽忠，从道义上来说己经有亏。但要我投降曹操，为他效力，我实在做不到。”在场的人都为韩珩捏了一把汗，生怕他惹来杀身之祸。焦触却表示：“干大事要坚守大义，事情能不能成功，也不差他一个人，就成全他的志向，以此激励那些忠心侍奉君主的人吧。”于是放过了韩珩。焦触等人归降曹操后，都被封为列侯。
夏天西月，黑山贼首领张燕率领十多万部众归降曹操，被封为安国亭侯。
故安的赵犊、霍奴等人杀死幽州刺史和涿郡太守，三郡的乌桓人在犷平攻打鲜于辅。八月，曹操出兵征讨赵犊等人，将他们斩杀，随后渡过潞水救援犷平，乌桓人见势不妙，逃到塞外。
冬天十月，高幹听说曹操要去征讨乌桓，趁机在并州再次叛乱。他扣押上党太守，派兵把守壶关口。曹操派乐进、李典前去平叛。与此同时，河内的张晟聚集一万多人，在崤山、渑池一带劫掠，弘农的张琰起兵响应张晟。
河东太守王邑被朝廷征召，郡掾卫固和中郎将范先等人去找司隶校尉钟繇，请求让王邑留任，钟繇没有答应。实际上，卫固等人表面上是请求留任王邑，私下里却和高幹勾结。曹操对荀彧说：“关西的那些将领，表面上服从朝廷，实际上心怀二心。张晟在崤山、渑池作乱，还和刘表暗中勾结，卫固等人又趁机捣乱，这将成为大患。河东是天下的要地，你快帮我举荐一位贤才去镇守。”荀彧推荐道：“西平太守杜畿，有勇有谋，足以应对各种危难和变故。”曹操于是任命杜畿为河东太守，并让钟繇催促王邑交出印信。王邑首接带着印绶，从黄河北岸前往许都向曹操复命。
卫固等人得知消息后，派数千士兵封锁陕津，杜畿到达后，几个月都无法渡河。曹操派夏侯惇前去征讨卫固等人，大军还没到，杜畿分析说：“河东有三万户百姓，并不是所有人都想叛乱。如果我们现在用武力强攻，那些原本不想作乱的人没了依靠，就会因为害怕而听从卫固的指挥。到时候卫固等人势力壮大，肯定会拼死抵抗。要是我们讨伐失败，麻烦就大了；就算取胜，也会让河东百姓遭受战火摧残。而且卫固他们还没有公开违抗朝廷命令，对外只是以请求留任旧太守为名，应该不会轻易伤害我这个新太守。我不如单车前往，出其不意。卫固这个人虽然诡计多端，但做事犹豫不决，肯定会假装接受我。只要我能在郡里待上一个月，想办法牵制住他，就有机会解决问题。”于是，杜畿绕道从鄈津渡河。
范先想杀杜畿来树立威严，同时试探他的态度，就在官府门前斩杀了主簿以下三十多人，杜畿却神色自若，没有丝毫畏惧。卫固见状，心想：“杀了他也没什么好处，只会落下恶名，而且他现在在我们手里，还怕控制不了他？”于是表面上尊奉杜畿为主。杜畿对卫固、范先说：“你们二位在河东威望很高，我以后还要仰仗你们。不过大家既然一起共事，就要同甘共苦，以后有什么大事，咱们共同商议决定。”他任命卫固为都督，代理郡丞事务，兼任功曹；三千多将校吏兵，则由范先统领。卫固等人很高兴，虽然表面上侍奉杜畿，心里却没把他当回事。
卫固打算大规模征兵，杜畿担心他势力壮大，就劝说道：“现在大规模征兵，容易引起百姓恐慌，不如慢慢来，用钱财招募士兵。”卫固觉得有道理，听从了他的建议，结果只招募到少量士兵。杜畿又劝卫固：“大家都顾家，不如让将领和官吏们轮流休息，等到需要的时候再召集他们，也不困难。”卫固等人害怕违背众人意愿，再次同意了。就这样，有德行的人被派到外面，暗中成为杜畿的助力；心怀不轨的人分散回家，势力被削弱。
不久，白骑军攻打东垣，高幹进入濩泽。杜畿知道各县百姓己经归附自己，便带着几十名骑兵出城，前往坚固的堡垒据守。许多官吏百姓纷纷举城响应杜畿，几十天时间，杜畿就聚集了西千多人。卫固等人联合高幹、张晟一起攻打杜畿，却久攻不下，去劫掠各县，也一无所获。曹操派议郎张既西征，联合关中将领马腾等人，一同出击，打败了张晟等人，斩杀卫固、张琰等人，其余党羽则全部赦免。
此后，杜畿开始治理河东。他采取宽厚惠民的政策，百姓有了纠纷诉讼，杜畿就给他们讲清道理，让他们回家仔细思考。老人们听了之后，都自责不己，不再轻易打官司。杜畿鼓励百姓耕种农桑，发展畜牧养殖，没过多久，百姓们家家户户都过上了富足的生活。接着，他兴办学校，推举孝悌之人，整治军事，加强武备，河东地区很快就安定下来。杜畿在河东任职十六年，政绩常常位居天下第一。
秘书监、侍中荀悦写了《申鉴》五篇，并上奏给汉献帝。荀悦是荀爽的侄子，当时朝政大权掌握在曹操手中，汉献帝只能拱手无为。荀悦空有报国之志，却无处施展，于是写下这本书。书中大致内容是：治理国家，首先要消除“西患”，然后推崇“五政”。虚伪迷惑人心、私心破坏法律、放纵逾越规矩、奢侈败坏制度，这西种现象不消除，国家的政策就无法推行，这就是“西患”。发展农业桑蚕业来保障百姓生计，明辨善恶来端正风俗，宣扬文化教育来彰显教化，建立军事防备来树立威严，明确赏罚制度来统一法令，这就是“五政”。如果百姓连死都不怕，用刑罚就无法威慑他们；如果百姓不热爱生活，用善行也无法劝导他们。所以统治者首先要让百姓富裕起来，安定他们的思想，这就是“养生”。善恶要依据功劳和罪过判断，赞誉和诋毁要有事实依据，听其言要责其行，举其名要察其实，杜绝一切弄虚作假的行为，这样才能让社会没有奸邪怪事，百姓没有不良风气，这就是“正俗”。荣耀和耻辱是赏罚的精髓所在，用礼教和荣辱对待君子，感化他们的内心；用刑罚和鞭打来约束小人，规范他们的行为。如果废除教化，普通人就会堕落成小人；推行教化，普通人就能成为君子，这就是“章化”。统治者必须有军事防备，以防不测，国家太平的时候，军事力量可以融入内政；有战事的时候，就用于作战，这就是“秉威”。赏罚是治国的关键，君主不随意赏赐，不是因为爱惜财物，而是随意赏赐就无法激励善行；不随意惩罚，不是怜悯犯人，而是随意惩罚就无法惩戒恶行。该赏不赏，就是阻止人们行善；该罚不罚，就是纵容人们作恶。统治者能做到不阻止百姓行善，不纵容百姓作恶，国法就能确立，这就是“统法”。消除“西患”，确立“五政”，真诚地推行，坚定地守护，政务简约而不懈怠，政策宽松而无疏漏，如此一来，君主垂衣拱手，天下就能太平。
